1367年，朱元璋的军队攻破苏州，张士诚投降。明改苏州府，直隶南京。但摧毁了城中心的皇城。明时管理南直隶长江以南部分的应天巡抚驻紮在苏州。
清代，苏州为江苏巡抚和江苏布政使驻地。
明清两代，苏州经历了一段更加繁荣的时期。苏州向中央政府缴纳的粮、税占到全国的十分之一。苏州的地价水平也高居全国之首。虽然在明初朱元璋对作为张士诚基地的苏州采取了惩罚性措施，将其人口大量向外迁徙，造成商业萧条，但是到明代中叶，工商业又恢复繁荣，中心城市集聚大量人口，估计在50万到100多万，不仅城内空地消失，房满为患，城市街区沿几条主要通航河道，从府城向外呈放射状延伸，尤其西部商业区最远处距离城门（阊门）已经超过10华里，与枫桥镇连绵一片，阊门内外的西中市、南濠、山塘、上塘均为著名的繁华街道，“灿若云锦，语其繁华，都门不逮”。明代嘉靖年间，城西阊、胥门外附郭新商业区的街区范围已经与城内相当。到清代，原本荒凉的东郊葑门、娄门外也变为“人居稠密”，“地值寸金”。所谓“苏州以市肆胜”。明代苏州的浒墅关在全国8个主要钞关中税收额名列第2。清代苏州更名列天下四聚（四大商业中心）之一。由于消费人口集中，城外枫桥形成全国最大的粮食交易市场，粮食供应来自长江中游的江西、湖南，一部分通过海路转销浙江、福建。苏州的外港，在明朝是太仓的浏河镇(通过娄江联系苏州)，在清朝则是上海（通过苏州河联系）。
清《苏州府治图》
这一时期，苏州是全国主要的文化中心之一，被列为“士大夫必游五都会”之一。明清两代全国状元共出204名，而苏州即产生了34名。苏州籍的名相重臣蔚为大观。在明(1368年-1644年)、清(1644-1911年)两代，苏州建造了许多著名的私家园林，其中有许多为回苏州的退休官员所建，体现明显的士大夫情趣，与北京的皇家园林或扬州的盐商园林有明显的不同。苏州以其精致典雅的文化风格，备受当时人的赞赏。
拙政园
1860年，李秀成率领太平天国军队进攻苏州，苏州经历一次浩劫，知府下令放火，将繁华的城西阊门商业区彻底焚毁，大批市民逃往上海租界避难，成为后来上海居民的重要组成部分。苏州是太平天国苏福省的省会，建有李秀成金碧辉煌的忠王府。1863年12月，戈登的常胜军配合淮军从太平军手中夺取苏州。但战后苏州全国经济中心的地位已经让位给上海。在惨烈的战争中，苏州损失惨重，直到今天，苏州市（范围略大一点）的人口数仍然没有恢复到1860年以前范围略小一点的苏州府的人口数。
1895年的马关条约签订以后，苏州被辟为商埠，城南还设立了苏州日租界，但该租界始终未繁荣起来，只是后来在界内开办了瑞丰丝厂。1906年沪宁铁路通车以后，阊门外石路地区一度有所恢复，1937年抗日战争中又受到重创。清末民初，苏州商会总会统辖苏州、松江、常州、镇江四府和太仓直隶州各商务分会，与上海、江宁两地商会共管江苏商务。苏州商会采取一系列措施扶持创办事业，苏州的民族资本主义工业因此得到了进一步发展。苏州状元陆润庠在这期间创办了苏纶纱厂。